高品质微生物肥料，狭义的定义是：指以微生物的生命活动为核心，使农作物获得特定的肥效的一类肥料。所以也叫生物肥料、接种剂、菌肥，是一种生物肥料，它和常说的微肥（含微量元素的化学肥料）不同。
在实际的农业生产中，常把“微生物制剂”也统称为微生物肥料，在农业农村部统一登记备案。这类主要是指：微生物肥料养分供应功能较少，但却有其他功效，如刺激植物生长或拮抗某些病原微生物的致病作用，降解有害污染物等，这类目前也被归为微生物肥料进行登记管理。
微生物肥料，按照所添加微生物的种类不同，可以分为：
1、类肥料：固氮肥、溶磷肥料、解钾肥料，如芽孢杆菌、假单胞菌等
2、放线菌类肥料：如抗生菌肥；
3、类肥料：包括外生菌根菌剂和内生菌根菌剂，如丛枝菌根、菌根菌剂、兰科菌根菌剂
4、藻类肥料：如固氮蓝藻菌；
5、两种以上微生物按一定比例组合形成的复合型微生物肥料。
使用复合微生物菌肥，具有七大功效：
一、减少化肥用量30%-60%。土壤使用复合微生物菌剂后，在土壤中大量分裂繁殖有益菌群，并产生大量有机酸，分解土壤中难溶解的固体磷和固体钾，使土壤中难溶性磷钾释放出来，被作物吸收利用；同时吸附土壤中的氮元素防止挥化和随水土流失，并能固定空气中的氮供应作物生长发育。起到解磷、解钾、固氮、促生长的作用。从而可减少化肥用量30%以上。如每亩施用50公斤复合肥，使用菌剂后，只要施用35公斤复合肥，就可超过50公斤复合肥的效果，节约购买化肥的成本和施用化肥的劳动力。
二、不死苗。土壤中含有砷、铅、镉、铬、汞等有毒重金属和至少含有28种有害病菌和寄生虫，导致作物大量死苗现象发生。使用复合微生物菌剂后，大量分泌、溶解酶等有益毒素，降解土壤中的有毒物质，防止作物中毒死苗；有益菌大量繁殖后，在根系周围迅速形成高密度菌丝体，阻止有害菌入侵，保护作物根系，防止根腐病，茎基腐病，疫病、立桔病，猝倒病等死苗现象；有益菌产生的几丁质酶等拮抗机制，抑制灰霉病，霜霉病、纹桔病、稻瘟病、性青枯病、软腐病、枯萎病、黄萎病、白粉病等为害，使作物产生自我保护能力和健康土壤，防止烂叶烂根死苗。
三、可连作（重茬）。作物收获后，根系腐烂在土壤中产生大量有害毒素，使同种类作物不可能连作，连作后就会毒害根系死苗。使用复合微生物菌剂后，在土壤中大量繁殖有益菌群附着在土壤中腐烂的根系上降素，觖决作物不能连作的问题。
四、不烂果、不烂瓜。土壤中的有毒重金素，有害病菌侵入果实后引起烂果、烂瓜或果实畸形，如西瓜果斑病。施入复合微生物菌剂后，分泌的有益毒素，能降解土壤中的亚硝酸盐及硫化氢等有毒物质，为土壤。同时，抑制土传病害，减少烂果、烂瓜现象发生。
五、杀死地下害虫。土壤中有根蛆、韭蛆、地老虎、蛴螬、蝼蛄，根线虫、白蚁、象甲、天牛等害虫虫卵、虫蛹、幼虫等为害根系和根茎部，造成作物缺蔸。施用复合微生物菌剂后，产生大量附着在虫卵、幼虫体表，使虫卵对环境不敏感，气温回升后卵不能孵化成幼虫，幼虫也不能转变为成虫，失去环境生存能力而死亡。
六、提高肥料利用率。一般单质化肥（尿素、碳铵、磷肥、钾肥）和三元素（N、P、K）复合肥作物利用率30-40%，施用复合微生物菌剂后，能分解土壤中的有机物，使施入的N、P、K化肥与有机质结合，防止随水土流失和被土壤固定，有利作物吸收，使肥料吸收率70%以上，利用率提高1倍以上。
七、增产增甜。施用复合微生物菌剂，在土壤中产生多种氨基酸，核糖核酸，赤毒素，生长素等生理活性物质，提高根的活力，使须根发达，刺激根系吸收功能，防止根系老化，从而提高抗寒、抗旱、抗倒伏能力，提高地上部光合作用转化为淀粉、蛋白质、糖分和维生素，降低农产品中的亚硝酸盐含量，使禾本科作物增产10%-30%，蔬菜瓜果增产10-40%以上，糖分提高2度以上。如葡萄含糖量由16%可提高18-20%，蔬菜口感好。
目前在农村农村部登记管理上，现有9个菌剂类品种和2个菌肥类品种微生物肥料发挥作用，重点在于其添加的微生物发挥作用，所以需要创造适宜微生物繁殖环境，才能提高微生物肥料的利用率，在使用微生物肥料时，要注意以下几点：
1、温度：一般以18℃~25℃适宜，个别菌种可到40℃以下，此时微生物生命活动较为活跃，15℃以下时活性开始降低，10℃以下时活力微弱。
2、湿度：类微生物适宜在潮湿环境生长，一般含水量30%以上，但应避免高温干旱、阳光直射、水分过大（特别是好氧型）。
3、有机质环境：微生物生长繁殖、活动都需要食物，也就是说要搭配有机肥或土壤种要有足够的有机质；
4、作用时间：微生物繁殖，从适应环境 萌发 繁殖需要一定的过程，一般10-15天开始产生作用。
5、混用：微生物肥料，含有微生物活体，应避免与杀菌剂、杀虫剂等混用。